Từ năm 1987 đến năm 1991, Kitty Hawk được đại tu tại Xưởng hải quân Philadelphia với chi phí 785 triệu Đô-la trong khuôn khổ Chương trình Kéo dài Vòng đời phục vụ (SLEP: Service Life Extension Program).[5] Sau đó từ năm 1990 đến năm 1992, Constellation cũng được nâng cấp tương tự với chi phí 800 triệu Đô-la cùng tại Xưởng hải quân Philadelphia.[6] Chương trình này dự định sẽ kéo dài thời gian phục vụ của các con tàu thêm 15 năm. John F. Kennedy không được đại tu theo Chương trình SLEP, thay vào đó nó được nâng cấp từ năm 1993 đến năm 1995 với phí tổn 491 triệu Đô-la. Đây là dự án sau cùng mà Xưởng hải quân Philadelphia thực hiện trước khi xưởng tàu bị đóng cửa.[7] America cũng được dự định để nâng cấp theo chương trình tương tự tiếp theo sau Constellation; tuy nhiên nó lại được cho xuất biên chế vào ngày 9 tháng 8, 1996, trong một giai đoạn mà ngân sách quốc phòng bị cắt giảm sau khi Chiến tranh Lạnh đã kết thúc. America ở trong một tình trạng vật chất rất tệ hại khi nó ngừng hoạt động, nên đã không được giữ lại để bảo tồn cho dù có những giá trị lịch sử. Nó được sử dụng như một mục tiêu thực hành tác xạ, và bị đánh đắm vào ngày 14 tháng 5, 2005.

Constellation được cho xuất biên chế vào ngày 7 tháng 8, 2003, và tiếp theo đó là John F. Kennedy vào ngày 23 tháng 3, 2007. Chỉ còn lại Kitty Hawk tiếp tục phục vụ cho đến đầu năm 2008, khi nó được chiếc George Washington (CVN-73) thay thế để phục vụ trên tuyến đầu tại Nhật Bản. Nó quay trở về Hoa Kỳ sau khi chuyển giao,[8] và xuất biên chế vào ngày 12 tháng 5, 2009.[9]